Antecedentes y causas de la separación. Varias fueron las causas que abonaron la separación de Panamá de Colombia el 3 de noviembre de 1903. Por una parte, el abandono en que Colombia mantuvo al Istmo durante todo el siglo XIX provocó frustración entre nuestros compatriotas. En realidad, el gobierno colombiano sólo percibía al Istmo como el emplazamiento del futuro Canal que algún día habría de construirse.
En tal sentido, nuestro territorio era la mayor riqueza potencial que poseía la República, pero permaneció materialmente descuidado desde 1821, sin que se fomentara la educación, ni la salud, se construyeran caminos y vías de penetración y se realizaran obras públicas, como el acueducto o alcantarillado y la pavimentación de las calles de las principales ciudades. Sin duda, el sistema centralista implantado por el Regenerador Rafael Núñez, desde 1886, agravó aún más la situación.
Los istmeños, mayormente de convicciones liberales y federalistas, vieron de la noche a la mañana transformado su Estado Federal (1855-1885) en un Departamento más de la República de Colombia, cercenados sus derechos políticos, y con un Gobernador elegido en Bogotá al frente de sus destinos.
Ello, sin contar las permanentes guerras civiles que asolaron el territorio istmeño,así como el restablecimiento de las aduanas y el incremento de la carga impositiva , en momentos en que se especulaba fuertemente con la ruina de los franceses.
Afinales de octubre de 1903, Amador Guerrero regresó a Panamá. En realidad era bien poco lo que podía ofrecerle a la Junta Revolucionaria. No se había entrevistado con ningún alto funcionario del gobierno de Washington y sólo traía la vaga promesa de un ingeniero francés.
No fue extraño que en estas circunstancias, la Junta Revolucionaria se sintiera decepcionada y confundida. Además, no se aceptaron ni el modelo de bandera ni la proclama que Bunau Varilla le había entregado a Amador en Nueva York.
Sea como fuere, lo cierto es que los acontecimientos se precipitaron en los días subsiguientes. Por entonces, el Gobernador José Domingo De Obaldía había alertado al gobierno de Bogotá sobre una posible invasión al Istmo, procedente de Nicaragua.
De inmediato, en Bogotá se cursaron las órdenes necesarias para que un destacamento a cargo de los Coroneles Juan B. Tovar y Ramón Amaya se trasladara al Istmo. Pero De Obaldía, miembro conspicuo de la oligarquía local, al tanto de los planes separatistas, lo puso sobreaviso a Amador Guerero sobre la inmimente llegada de las tropas colombianas a Colón.
Entonces, la Junta Revolucionaria consideró que había llegado el momento de actuar. De inmediato, se le cablegrafió a Bunau Varilla , quien en su respuesta prometió que el barco de guerra estadounidense Nashville llegaría a Colón en los próximos días. Esa era la señal que los revolucionarios necesitaban para saber que los Estados Unidos estaban de su lado. Los separatistas contaban con el concurso del batallón Colombia, de guarnición en Panamá, y a cargo del Coronel Esteban Huertas, así como con los miembros del Cuerpo de Bomberos.
En realidad, Huertas y sus tropas habían sido ganados para la causa separatista gracias al pago de crecidos sobornos. Es indiscutible que, el abandono de estas tropas por parte de Bogotá, las tornó susceptibles de ser sobornadas. Debemos recordar también que para entonces hacía varios meses que no cobraban sus haberes, lo que las había llevado a endeudarse con los comerciantes locales, es decir con los mismos revolucionarios.
Finalmente, el 3 de noviembre llegaron a Colón por una parte el Nashville de la Marina de los Estados Unidos, y por la otra el Cartagena, a bordo del cual venían los generales Tobar y Amaya, a cargo del batallón "Tiradores".
La situación se tornó sumamente grave, pues si el batallón "Tiradores" alcanzaba la ciudad de Panamá, el movimiento separatista se frustraría, de manera que el Superintendente de la Compañía del Ferrocarril J.R. Shaler,al tanto de lo que acontecía , ideó un plan muy hábil.
En este sentido, le hizo saber a los generales colombianos que no disponía de suficientes vagones para transportar a todos los efectivos, pero les propuso trasladarlos a ellos de inmediato a la capital, con la promesa que más tarde, ese mismo día, trasladaría el grueso de la tropa. Así, logró retener en Colón al batallón "Tiradores", aislándolo de sus jefes. Otros, sin embargo, sostienen que fue María Ossa de Amador la esposa de Amador Guerrero la autora de esta hábil estratagema.
